真核转录组测序
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真核转录组测序

转录组测序介绍

真核生物转录组测序,利用高通量测序可全面快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下转录的所有mRNA进行测序,用于研究基因结构、基因功能与表达等。转录组研究已经成为揭示生物生长发育调控、逆境胁迫和抗病反应机制的最佳研究手段。

 

真核生物转录组测序项目流程

 

 

数据分析内容

mRNA分析

 

 

测序序列质量评估

饱合度分析

基因差异表达分析

数据预处理

基因表达定量分析

差异基因GO富集分析

基因组比对

表达相关性分析

差异基因KEGG富集分析

 

翼和特色

有参转录组测序项目信息分析

严格数据质控保证数据分析可靠性

6Gb/每个样本 

多种有参考基因组的物种进行了转录组测序分析经验

 

样品要求

l  样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

l  样品的量:细胞样品请提供至少1×10^7个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供4 μg以上的总RNA

l  样品质量:RNA无明显降解,提取的total RNA OD260/280值在1.8~2.0之间,浓度 ≥ 50 ng/μlRIN7

l  样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOLRNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

l  样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

案例分析

中国甜柿转录组分析

甜柿中原花青素(PA)的含量占果实干重的25%,但是PA所引起的涩味很影响口感,因此给甜柿去除涩味是产业中是很重要的部分。而可溶性PA经乙醇处理后可转化为不溶性PA,因此文章通过对甜柿是否经乙醇后的样本进行转录组测序(RNA-seq),找到乙醇处理前后差异表达基因。

研究结论:

文章对经5%乙醇处理的柿子和未经乙醇处理的柿子进行转录组测序,研究控制PA生物合成及其代谢相关基因和通路。

1.一共鉴定到83898unigene,其中54719~65.2%)个unigene可被注释。

2.其中14954unigene可被COG分类,24337unigene可被GO term分类,且参与代谢的基因数目最多。

3.通过KEGG分析发现,参与代谢和生物合成的基因数据最多。

 

4.通过5%乙醇处理和非处理样本转录组数据比较,发现3639个表达差异明显的基因,其中在处理样本中,1560个基因表达上调,2079个基因表达下调。

5.选择50RNA-seq分析表达差异明显的基因进行QPCR实验验证,其中34个(68%)基因与测序结果一致。