NGS Target Gene Resequencing
Home > NGS Target Gene Resequencing

About Super-Multiplex PCR

 

      Resequencing of candidate genomic region is more and more increasingly required and relied on. Usually the candidate region are from 5 kb to 100 kb, and it is very costly to sequence this long region by Sanger or Targeted Capture methods.  However, Super-multiplex PCR can generate a library of continuous amplicons to cover given genomic region.  With specific and optimized primers, super multiplex PCR can capture all loci in only two PCR reactions.  This kit contains pre-mixed primers and all PCR reagents and makes scientists extremely convenient to conduct the library construction. 

 

      Library construction by super multiplex PCR from Shanghai Bio-Wing Applied Biotechnology (SBWAB) Co. Ltd., is based on self-developed software and patented PCR optimization techniques. The heterogeneity of multiplex PCR amplification is avoided.  90% amplicons at ≥0.2X mean coverage.  Multiplex PCR products are quantified by quantitative PCR (ABI7900) to guarantee it homogeneity.

 

      In library construction, barcodes for each samples are added to primers.  The library are constructed by only two round of PCR reactions.  HiTM- PrimersNGS  Gene Detection Kit contains targeted capture primer mix, linkers for sequencing platform, PCR amplification and purification reagents.  

 

Applications: Screening and diagnosis of Mendel’s hereditary diseases, research and application on precision medicine.

 

 

 Sequencing Platform For Kit

 

 

 

HiTM- Primers Kit Content

No.

Content

1

HiTM- Primers Kit  Instruction

2

Sequence information of primers

3

Targeted capture primer mix (for up to 1000 samples)

4

Index Primers

5

Positive control DNA

6

PCR amplification and purification reagents

 

 

Super Multiplex PCR

      Until now, the heterogeneity is big problem for multiplex PCR.  In PCR reaction, interference among primers is more serious with more primers.  This makes that some amplicons can’t be amplified or are amplified in different efficiency.  We have developed our own primer design software, and introduced modified group on primers.  The primers with modified group can isolate other primers and make more amplicons amplified simultaneously. 

 

 

 

 

Technical Parameters

Advantage

Parameter

Input DNA required

20ng/ul

Applicable length of genomic Region

5-100Kb

Coverage Uniformity

90% at ≥0.2X mean coverage

sequencing platforms

Illumina MiseqIllumina Hiseq serieset al

Amplicon length

Average 200bp

Repeatability

~100% replicable

Coverage

100% amplicon coverage of all region

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Primer design:  According to customer’s request, such as continuous region, exon target and specific region, specific capture primers are designed by our primer software for further sequencing.

Primer optimization: The multiplex PCR amplification is guaranteed to be homogeneous.  The copy difference of each amplicons is with 5-10 times of average depth.  Multiplex PCR products are quantified by quantitative PCR (ABI7900) to guarantee it homogeneity.

Kit: Kit contains all parts of library construction for sequencing. 

 

 

Experimental Flow Chart