Q Plot绘制
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Q Plot绘制

经过K值确定和CLUMPP合并Q矩阵,利用可以生成Q值百分比柱形堆积图。

Q plot的绘制有4种方法:1.根据网上所说的的教程2.合并后Q矩阵可以在Excel中插入条形堆积图,生成需要的图形;3.可以将格式整理成STRUCTURE软件的结果文件中,对应的替换掉一个run 的相应位置,用STRUCTURE结果文件生成Q值条形堆积图;4.根据Q值大小进行排序,使用GraphpadPrism5.0软件,生成根据CLUSTER进行分类的Q值条形堆积图即可;本章主要介绍GraphpadPrism5.0软件绘制Q plot。

1.软件下载。软件官网无法下载到免费版的,可以百度搜索GraphPad Prism5.0下载破解版,根据说明书进行安装。

2.安装完成后,可以打开exe应用程序,运行软件。

3.Q矩阵整理在excel表格中,如下图所示

GraphPad Prism5.0运行成功后,显示如下界面

 

在Grouped分组下面选择百分比柱形堆积图,并且Y subcolumns for replicates or ERROR bars中选择第一个选项Enter and plot a single Y value for each point,点击Create。

4.在如下界面中将excel表格整理好的Q矩阵复制黏贴到软件的数据区。

然后在Graphs那里可以看到初步生成的图。

5.参数调整。Y轴调整。双击Y轴,弹出界面

将Y轴的最大值设为1.0,如下图所示。

 

全选图例,拖动改变图例位置。

点击change选项下第一排的第二个选项,修改图片大小。

 

 

双击X轴,将ALL tick的两个选项都设为none,可以消除X轴下的阴影部分。

 

双击图例,用不同的颜色代表不同的CLUSTER,同时更改填充、样式和边缘线。

将每个CLUSTER都这样设为不同的颜色。就得到了群体结构的Q Plot。

6.图片导出。点击软件Export按钮,弹出如下界面。根据需要选择图片格式、分辨率、染色方案、存储路径和文件名。

 

至此,遗传多样性分析及群体结构分析的软件全部介绍完了,欢迎大家多与小编交流。这些软件使用方法都是小编根据多年经验一步一步运行截图写作出来的,如果您觉得有用,欢迎帮忙扩散哦,里面有对容易出错地方的总结哦。最后哟呵一句,有需要细胞鉴定,低中高通量SNP分型、候选区段重测序分析的项目,欢迎联系我们咨询哦。