Powermarker3.0软件使用方法
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POWERMARKER3.0软件使用方法

这个软件据说有新版本,但是点击链接无法打开,也找不到下载的网址。目前的办法是将电脑系统时间调整为2015年及以前,可以正常运行。

1.软件下载和安装。V3.0版本的可以在很多地方下载到,直接百度搜索POWERMARKER3.0就可以,也可以联系小编,发送给您。(小提示:软件放在D盘即可,不要安装到C盘系统盘哦)

2.运行环境。软件正常运行需要安装.net运行环境,安装包里一般都是自带的dotnet.exe应用程序,点击安装运行环境就好啦。

3.数据输入格式。如图所示,第一列,名称ID#,这一列的每一行表示样本编号,后面每一列是各位点的基因型,用“/”隔开,表示成二倍体的输入形式。等位基因表示方法比较灵活,只要是可以表示出不同等位基因即可,如ABCD,ATCG,Insert,Deletion都是可以识别的,缺失用“?/?”表示。注意事项:a)表格里最好是不要有其他的sheet工作簿;b)标记名称不可重复,必须保证唯一;c)每个位点每个样本的基因型,必须保证是二倍体形式,并且是/隔开,否则软件会报错。不过这个软件有一点好处是他会提示错误出现在具体的哪一行哪一列。

 

3.运行软件。如图所示,选择.exe的应用程序文件,双击即可运行。(运行前,请将系统时间调整为2015年1月1日以前)

正确打开后是这样的界面。

 

4.数据导入。建立新的dataset,在页面选择dataset,点击之后会出现一个对话框。

小编认为从text格式文件导入经常容易出错,所以建议从excel复制粘贴版clipboard导入数据。各参数设置如下图所示。并且要先打开数据存储的excel表格,点击复制所有数据。

 

参数选择完毕后,点击Next,弹出下图界面。将第一列的ID#设置为categorical,并在Hierarchy选择Level-1设置为ID#。

 

这一步设置好的如下图。

 

点击next

这一步参数不需要设置。点击next。

数据导入成功如图所示。

点击finish。

数据导入成功。这时,导入数据存储在dataset里。

5.多样性分析。点击Analysis菜单中的summary—>summary statistics。

注意事:dataset需要选中,open computed tables in Excel需要选中才会直接导出到一个excel表格中。

需要计算的都选择好之后,点击submit,

结果如图所示:

 

Excel中的结果显示如图所示:

 

小结:POWERMARKER3.0主要是用于统计主等位基因频率、基因型数目、等位基因数目、基因多样性、杂合度观测值和多态性信息含量(PIC)。其他还有很多功能如计算单倍型频率、群体结构分析、哈温平衡检测、两两间位点LD、多位点LD、构建UPGMA/NJ进化树、单位点关联分析等等功能。在此不再详述。