NTSYSPC2.10e软件使用方法
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NTSYSPC2.10e软件使用方法

NTSYSPC2.10e软件主要是应用于分子标记基因型矩阵计算遗传相似系数,并进行聚类分析。也可以将表型数据进行标准化后,计算欧式距离,再进行聚类分析。还可进行二维主坐标分析和三维主坐标分析以及矩阵相关性计算Mantel检验。在此,小编主要介绍对分子标记分型数据和表型数据进行聚类分析,其他如果有需要可单独联系小编,私下交流。

1.软件下载安装。这是一个相对比较早的软件,直接百度搜索下载即可。无需安装运行环境,下载完成后解压缩即可运行。

2.分子标记数据格式整理与转换。

如图所示,请在Excel表格中根据下图整理好,标记基因型为01记录的二进制读带方法,缺失数据用2表示。经常容易出错的原因主要是参数设置不对,如标记数目和样本数目后面没有对应的加上B或L,数据区基因型除了012之外还有其他的不识别格式,主要可能是输入错误,空单元格和空格,导致软件报错。

 

3.数据导入。在Excel中将数据格式整理好之后,将数据复制粘帖到一个txt文档中。然后运行ntsys.exe应用程序

弹出界面如下图

点击Fileàedit file,弹出如下界面,文件类型设为All files,选择数据文件,打开。

 

 

 

数据打开后如下图所示。

 

在File菜单下,选择save as,将文件另存为nts后缀的文件。

4.遗传相似系数。仍然打开ntsys.exe应用程序,在Similarity菜单下点击Qualitative data,弹出界面如下,在Input file双击找到数据文件导入,Coefficient选择遗传相似系数计算的函数,一般是选择J函数,并且在Output file双击建立一个输出文件,后缀为nts。设置完成后,点击Compute。

 

 

遗传相似系数矩阵导出:点击Output&transf.弹出如下界面,在Input file里找到上一步计算得到的遗传相似系数矩阵,如果样本数比较多,可以将Page width设置为一个极大值。然后点击Compute。得到矩阵之后再复制粘帖到Excel进行统计最大值、最小值和平均值及其对应的两两材料编号。

 

 

5.非加权类平均(UPGMA)聚类法。点击Clustering菜单,选择SAHN,界面如下图。Input file选择遗传相似系数矩阵,聚类树outfile。聚类方法选择UPGMA,In case of ties有两种方式,warn和find,一般是选择warn,有时warn无法找到一致性树,软件会提示选择Find生成多个聚类树供选择。

 

 

6.生成聚类树。点击Graphics菜单下的Tree plot,Input file选择生成的聚类树文件,点击Compute,生成聚类树图。

 

 

点击Option菜单,进行聚类树参数设置。Titles菜单下可以设置图片的标题,Phenogram惨淡可以设置聚类树的线和字体字号等,OTUs/page可以设置每页展示的样本数,reverse X axis可以设置样本编号名称分布在聚类树的左边还是右边。

 

 

使用NTSYSPC2.10e进行表型聚类分析

1.数据格式整理,格式和注意事项与分子标记格式相同,表型数据导入时,表型数目等同于标记数目,表型名称可以简化为数字,表型缺失数据用-999表示。另存为nts格式的操作和标记基因型一致,在此不再详述。

2.数据标准化。在Output&transf.菜单下选择,弹出下图界面,在Input file和Output file分别设置表型数据文件和标准化后的存储文件。设置好后点击Compute运行。

3.欧式距离矩阵计算。选择Similarity菜单下的Interval data,Input file选择标准化后的.nts数据文件,运算函数Coefficient选择EUCLID,数据保存在Output file,格式设为.nts。

 

4.UPGMA聚类分析和生成聚类树的方法与分子标记的方法相同。在此不再重复讲述。