POPGENE32软件使用方法
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POPGENE32软件使用方法

POPGEN32软件使用方法

POPGEN32软件也是一款认可度非常高的遗传多样性软件,其数据格式非常简单明了,整理和转换格式很灵活,而且进行计算的时候只需要选择对应数据类型,就可以很方便的找到自己需要计算的指标。该软件主要可以计算整个种质资源群体及各亚群的基因型频率、哈温平衡检测、等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、多态性位点数、纯合度观测值、纯合度期望值、Shannon指数、杂合度观测值、杂合度期望值、群体分化系数、基因流、遗传距离、中性检验和位点两两间LD。

1.软件下载与安装。POPGEN32在网络上非常容易下载到,或者学术群共享都有很多。下载到之后直接解压缩即可运行。

2.数据格式整理。文件解压缩后有两个示例文件,后缀为.dat,可以用txt文本文档打开。分别是二倍体格式和单倍体格式。

 

 

二倍体数据格式说明:

在文本开头,要注明是二倍体数据。 /* Test Data Set II: Diploid Data */,然后注明亚群数目、位点数目和位点名称。不同亚群的基因型数据空两行,每个单元格是二等位的数据表示同一个样本同一个位点的基因型。列表示一个标记的不同样本基因型。缺失数据用“.”表示。

 

 

 

 

 

 

单倍体数据格式说明:

在文本开头,要注明是单倍体数据。 /* Test Data Set I: Hiploid */,然后注明亚群数目、位点数目和位点名称。不同亚群的基因型数据空两行,每个单元格的数据表示同一个样本同一个位点的基因型。列表示一个标记的不同样本基因型。缺失数据用“.”表示。

 

 

 

3.数据类型。该软件可识别的数据类型有三种,共显性标记数据、显性标记数据和数量性状。SNP标记是共显性标记,可根据实际情况对数据类型进行选择。共显性标记是指在杂合F1代同时具备父本和母本的条带,显性标记是指杂合F1代的带型与父本或母本相同。SSR分型中会遇到显性和共显性标记数据类型的问题。

 

4.导入数据。点击POPGEN32.exe应用程序,运行软件。在软件界面File菜单下,选择Load dataà根据数据类型进行选择对应的导入模式(co-domainant marker data/Domainant marker data/Quantitative Trait Data)。如果无法成功打开,软件会提示出错的亚群编号和材料编号,根据提示进行纠正。

正确打开的界面如下图所示。

5. 遗传多样性分析。根据数据类型选择对应的菜单下的正确选项,如Co-DominantàDiploid data。会弹出如下对话框:

 

根据自己需要选择计算的项目之后,点击OK,即可获得运行结果。