CLUMPP2.0软件使用方法
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CLUMPP2.0软件使用方法

这个软件是可以将STRUCTURE运行得到的对应K值的多次重复结果进行合并,下载网址https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/clumpp.html,无需安装。下载解压缩之后,包括1个CLUMPP.exe应用程序,1个indfile的示例文件,1个参数设置文件paramfile。

 

1.数据输入格式。数据格式如下图所示,这个文件可以由STRUCTURE软件的结果文件中得到,材料序号、材料编号、缺失标记基因型数目和材料对应每一个cluster的Q值都可以在STRUCTURE软件对应K值的结果文件中找到,只需要在excel中进行调整一下,插入冒号之前的那一列2就可以了。并且不同的重复之间的Q矩阵需要隔开一行。格式整理好之后,可以复制粘帖到txt文档中,并且将后缀名改为indfile。

注意事项:材料编号(第二列)最好是纯数字,不要有字母,否则软件无法运行;如果格式都对,但还是无法运行,请核对参数文件的文件名和保存数据的indfile文件名是否一致,材料数、群体数和重复数是否都正确;排除前两个原因之后,如果仍然无法运行,应该还是数据中有错误,这时可以从windowsà运行àcmdà打开DOS命令行à在DOS系统中用命令行运行CLUMPP.exe应用程序,这时,会提示出错原因。

 

 

2.参数文件设置。Paramfile文件可以使用记事本打开。

需要根据自己数据修改的地方如下图所示。

 

 

3.软件运行。Indfile和paramfile都准备好之后,可以直接点击CLUMPP.exe运行,也可以根据前面所说,从DOS命令行启动CLUMPP.exe软件。运行结束后会在软件文件夹生成多个文件。如下图所示,会生成后缀分别为miscfile、outfile和datafile的文件。我们所需要的Q矩阵保存在outfile中。根据TASSEL格式要求整理就可以了。