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SNP&SSR分型个性化数据分析 免费赠送活动开始喽!!!

柳絮雪飘飘 上海翼和生物 1周前

 

基因分型是上海翼和生物主打业务,迄今已有15年服务经验!为回馈广大新老客户,翼和推出个性化数据分析免费赠送活动!满满的都是干货哟!

 

活动内容

1. SNP分型、SSR分型服务,全款客户9优惠;

2. 售前可协助客户进行数据库挖掘(限医学遗传学客户),R程序包clusterProfiler进行GO富集和pathway富集分析,聚焦疾病相关重要通路;根据千人基因组计划汉族人群数据,提取功能SNP信息,Haploview4.2软件计算TagSNP

3. 售后免费赠送个性化数据分析:遗传连锁不平衡分析、单倍型类型及频率统计分析、卡方检验、logistic分析(加性模型、显性模型和隐性模型);遗传多样性和群体结构数据分析常用8款软件:NTSYSPC2.10ePowermarker3.0Genalex6.2PopGen32Structure2.0、Structure harvester在线工具、Clumpp2.0Distruct1.1.

4.活动时间:即日起--2020年1月31号

5.活动对象:即日起与翼和合作SNP、SSR分型项目的新老客户;

6. 本活动最终解释权归上海翼和应用生物技术有限公司所有。

 

欢迎拨打公司服务热线021-33559491 021-33559492联系我们或者联系当地销售同事咨询详情!精彩不容错过!!!

 

部分结果展示

 

LD plot

连锁不平衡是关联分析的基础,使用Haploview4.2软件计算位点两两间的连锁不平衡。

 

单倍型类型及频率统计

利用位点两两间连锁不平衡(LD)划分单体型块(Block),对每个block进行单倍型分析,得到单倍型频率。

 

 

 

 

 

群体

单倍型

单倍型频率

rs3499

rs3800

Case

T

T

0.702


C

C

0.256


C

T

0.039

Control

T

T

0.738


C

C

0.229


C

T

0.03

Case+control

T

T

0.708


C

C

0.252


C

T

0.038

 

卡方检验

单标记关联分析:使用Haploview4.2软件对单个标记进行卡方检验法case-control关联分析,研究SNP与疾病相关性。

#

Name

Assoc Allele

Case,Control Ratio Counts

Case,Control Frequencies

Chi square

P value

1

rs1466

A

166:428, 234:720

0.279, 0.245

2.232

0.1352

2

rs7762

T

583:11, 935:19

0.981, 0.980

0.038

0.8462

3

rs7331

G

593:1, 940:14

0.998, 0.985

6.439

0.0112

4

rs399

C

175:419, 227:727

0.295, 0.238

6.114

0.0134

5

rs3400

C

154:440, 204:750

0.259, 0.214

4.248

0.0393

6

rs5705

C

41:553, 45:909

0.069, 0.047

3.332

0.0679

 

单倍型关联分析:使用Haploview4.2软件对多个标记构成的单倍型进行case-control关联分析,分析单倍型与疾病/复杂性状的关系。

Block

Haplotype Freq.

Case, Control Ratio Counts

Case,Control Frequencies

Chi Square

P Value

Block 1






TT

0.738

417.0 : 177.0, 725.9 : 228.1

0.702, 0.761

6.594

0.0102

CC

0.229

152.0 : 442.0, 202.9 : 751.1

0.256, 0.213

3.848

0.0498

CT

0.03

23.0 : 571.0, 24.1 : 929.9

0.039, 0.025

2.285

0.1306

 

遗传多样性分析(整体和居群多样性分析)

使用POPGEN32、PowerMarker3.0Genalex6.2软件对样本整体和亚群进行遗传多样性分  析、比较。等位基因数、等位基因频率、有效等位基因数、杂合度、期望杂合度、最小等位基因频率(MAF)、shannon多样性指数(I)、亚群特有等位基因(Private allele)、多态性信息含量(PIC)、分子遗传变异方差分析(AMOVA)、基因流、亚群间遗传距离。

 

群体结构分析

基于遗传相似系数的UPGMA聚类树、基于遗传距离的邻位相连(NJ)聚类树、二维主坐标分析(PCA)、群体结构分析(Structure软件、Clumpp软件、Distruct1.1软件)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

关于翼和   

上海翼和应用生物技术有限公司是上海市遗传学会理事单位,是一家具有十多年历史、提供各类分子遗传学技术服务和分子诊断临床试剂盒开发的创型企业。目前翼和最具代表性的服务包括:基于高通量测序平台的目标区域重测序(Hi-Reseq)、二代SNP分型(Hi-SNP)、目标区域甲基化测序(Hi-MethylSeq)、多倍体扩增子测序SNP分型、肿瘤样本靶向深度测序、小鼠品系鉴定等;基于一代测序平台的中低通量的PCR-LDR SNP分型、个性化STR/SSR分型、细胞STR鉴定等;基于ABI7500/7900平台的荧光定量PCR检测服务、拷贝数变异多样性(CNV)检测等。

15年遗传学技术服务,您值得信赖的伙伴!

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