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【喜报】翼和Hi-SNP技术襄助清真牛肉的识别

一、文献来源:https://doi.org/10.1016/j.foodcont.2017.11.039,Food Control 87 (2018) 94-99 影响因子3

二、清真牛肉与普通牛肉的区别:综合网上的信息如下(1)清真牛肉为活牛屠宰,避免死牛肉;(2)清真牛肉血液放尽;(3)清真牛肉宰杀前具备宗教仪式

三、清真牛肉的肉牛来源:

杂交种:西门塔尔牛、利木赞牛

纯种牛:鲁西黄牛、新疆黑牛、南阳牛、日本黑牛(和牛)、郏县红牛

图1牛

四、正文

题目:中国市场上清真牛肉溯源追踪的SNP分子标记

研究手段:

1.样本来源

西门塔尔牛、利木赞牛、鲁西黄牛、新疆黑牛、南阳牛、日本黑牛(和牛)、郏县红牛各数十只。 

2. SNP挑选

(1)SNP位于非编码区;

(2)SNP平均分布在29条常染色体上;

(3)最小等位基因频度(MAF)需大于30%,保证位点有足够多态性;

3. SNP鉴定方法~翼和Hi-SNP

59个SNP采用上海翼和应用生物技术有限公司的Hi-SNP技术,由本公司实施多重PCR建库与illumina X-10测序。

4. 品种匹配统计学

5. 结果

(1)技术参数 平均测序深度2679,97.8%的扩增子深度大于50×。

(2)SNP挑选 MAF少于20%的剔除后剩余36个,平均MAF0.434。显示这36个SNP多态性甚好。

(3)种群匹配概率 根据MP算法各位点的匹配概率平均值为0.342,适合用于个体归属群体鉴定。作者发现最少只需使用7个SNP即可鉴定牛肉种群来源,且随着SNP数增加,统计学P值趋向于0。

(4)实际应用 作者在北京某清真食品公司A采购了15个牛的个体血样,用于追踪售出牛肉。同时在另外的清真市场B采集额外的样本用于对照研究。结果发现,公司A所售出牛肉完全与牛的血样SNP一致,且与原始追踪标签一致。而市场B的SNP则与A不一致,表明该方法可用于追踪牛肉来源。

6. 结论

本文建立的Hi-SNP方案可用于清真牛肉的溯源追踪!

 

Hi-SNP基本原理

Hi-SNP结合多重PCR技术和高通量测序技术,对需要检测的位点设计特异性引物,在单管内进行多重PCR扩增,不同的样本以不同的Barcode引物区分。混合样本后,在Ion Proton/Ion Torrent平台上,对扩增子进行高通量测序。测序结果使用生物信息学方法,区分不同的样本,最终获得每个位点的SNP信息。高通量测序能一次对几百万条DNA分子进行序列测定,相比其他的SNP检测技术,基于高通量测序的SNP分型具有更准确、更灵敏的特点。

 

Hi-SNP应用