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【喜报】翼和生物成功开发近交系小鼠遗传背景的二代测序检测平台

【喜报】翼和生物成功开发近交系小鼠遗传背景的二代测序检测平台

祝贺翼和合作单位山东泰山医学院免疫所于EBioMedicine发表论文

 

 

近日,上海翼和应用生物技术有限公司使用自有专利多重PCR与二代测序技术、联合东华大学生物所,共同开发了检测近交系小鼠遗传背景的方案,并成功为客户的SCI论文发表EBioMedicine提供帮助。

 

前言

 

实验动物的遗传质量对动物实验结果有重要影响。近交系小鼠是医学生物学研究中广泛应用的实验动物,其本身的质量尤其是个体基因的纯合性与不同个体遗传一致性对实验结果的可比性、可重复性和准确性起着决定性作用。随着生物医学的发展,无论是学术界还是生物技术产业界,对实验动物质量的要求越来越高,因而对实验动物质量的遗传监测方法也提出了更高的要求。如世界知名的Jackson实验室推出了自己的实验动物检测方案。因此,无论国内外机构均充分认识到实验动物尤其是近交系小鼠遗传质量的分子检测的必要性。

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国外实验动物机构采用的方案

由于SNP数量庞大,高通量的基因分型能降低成本,故世界著名的实验动物公司都已使用SNP遗传标记进行遗传检测(Petkov et al., 2004; Peers et al., 2007; Sherry et al., 2001)。如Harlan (http://www.harlan.com)Charles River Laboratories (http://www.criver.com)公司的小鼠遗传质量监测评估系统分别含有4832SNP,而Jackson实验室则提供2000SNP评估的芯片(http://jaxservices.jax.org/genome/snp.html)用于基础群的检测,而99%的生产群用29SNP来监控。可见,SNP遗传标记用以监测小鼠遗传质量是国际通用标准。

 

1.国外大型实验动物机构的技术方法

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国内实验动物遗传质量检测现状

反观国内,遗传质量检测的研究多处于较低水平,其中以STR为遗传标记有10多篇、以RAPD标记或DNA指纹图谱有9篇,固相杂交的有2篇,以SNP标记仅有2篇,表明我国各小鼠饲养单位对于DNA遗传质量检测方法的掌握较为薄弱,无论在技术上还是人才储备上均落后于世界其他国家。因此,在国内要推广使用实验小鼠DNA遗传质量检测,一套行之有效的SNP遗传监测标准亟待建立与规范。

第一,国内实验动物公司的近交系与Jackson Lab数据不符。

无论是从翼和公司检测结果,还是合作对方发表论文显示,国内实验动物存在与Jackson Lab标准近交系小鼠基因型不符合的现象(图2)。

 

2.PCR-LDR结果显示某公司的近交系与Jackson Lab数据不符**

 

第二,部分小公司管理不善,提供的近交系实验动物存在基因组不纯的现象。此处不宜展开。

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翼和公司的近交系小鼠检测方案1.02.0版本

1. 基于PCR-LDR的近交系小鼠检测方案1.0版本

该版本基于经典的PCR-LDR方案,由东华大学、中科院实验动物中心、上海实验动物研究中心多位专家联合开发,并发表于《中国实验动物学报》。上海翼和进行二次开发后,推出市场,检测位点48个,分布于所有染色体上,能满足小鼠遗传背景基本需求。

2. 基于多重PCR与二代测序的近交系小鼠检测方案2.0版本

2017年,上海翼和公司在多重PCR技术开发成熟的基础上,针对近交系小鼠,设计了100多个位点的二代测序方案,并在Ion ProtonIlluminaX-10上分别对数百只小鼠成功鉴定。

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客户的论文发表

20174月,翼和客户山东泰山医学院免疫所发表了EBioMedicine上的一篇论文,该文中编辑要求对突变小鼠的遗传背景进行鉴定,翼和公司应用基于多重PCR与二代测序的近交系小鼠检测方案2.0版本,成功的对基因编辑小鼠进行了测试,并被杂志编辑接受。

DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.ebiom.2017.04.008

上海翼和生物,每只实验小鼠测定分布在所有染色体上至少100SNP位点,检测准确率100% 

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