PCR-LDR试剂盒定制
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多倍体扩增子测序SNP分型

多倍体是指含有 3 套或 3 套以上完整染色体组的生物体。很多重要的农作物和动物都是多倍体,例如:小麦、油菜、棉花、花生、烟草、甘蔗、家蚕、蝾螈、果蝇、蛙等。多倍体物种基因组复杂,给遗传学研究带来了很大挑战。在 SNP 分型、目标区间重测序和分子克隆等过程中,特异性扩增的难度增大,非特异性扩增容易扩增出多个亚基因组间的同源区段。

多倍体物种 SNP 分型的常用技术包括 Sanger 测序、SNP 芯片、KASP 3种,这 3 种技术依赖于特异性的扩增或特异性的杂交,而多倍体物种亚基因组间高度同源,使得特异性扩增/杂交的难度大大增加,3 种常用技术在无法保证特异性的前提下,得到的是混合结果,且无法对混合结果进行有效的拆分。这就导致多倍体物种 SNP 分型结果准确率丌高。

上海翼和生物基于自主知识产权的多重 PCR 捕获技术,结合特色的生信分析方法,开发了基于多重 PCR 的多倍体扩增子测序 SNP 分型,大大提高了 SNP分型的准确度。二代测序得到单分子序列信息,通过特色生信分析方法,对混合结果进行有效拆分,准确地将测序 reads 比对到亚基因组,拆分亚基因组同原序列,排除 PSV HSV 的干扰,从而对多倍体物种进行 SNP 精准分型。

应用方向

农口: 全基因组 SNP 基因型分析;QTL 定位及基因定位;发现优良等位变异; 开发功能标记;定制育种 Panel;分子标记辅助选择育种;遗传材料前景及背景选择;全基因组选择;亲缘关系鉴定、DNA 指纹图谱、品种鉴定;遗传多样性评价;群体遗传结构分析。

技术原理

上海翼和多倍体扩增子测序 SNP 分型,结合多重 PCR 技术和高通量测序技术,对需要检测的位点设计特异性引物,在单管内进行多重 PCR 扩增,丌同的样本以丌同的 Barcode 引物区分,对扩增子进行高通量测序。测序结果使用生物信息学方法,区分丌同的样本。并且将多倍体的丌同基因组进行拆分后,对测序短序列进行精准 reads mapping,剔除 HSV PSV 干扰,最终获得每个位点准确的分型信息。



 

扩增子测序 SNP 分型原理


翼和基于多重 PCR 捕获的多倍体扩增子测序 SNP 分型生信分析流程


 

服务流程



基于多重 PCR 捕获的多倍体扩增子测序 SNP 分型技术路线


翼和特色

l   基于自主知识产权的多重   PCR 捕获技术,高通量   SNP 分型方法,技术领先,结果

准确;

l     获得 SNP 位点侧翼序列的单分子序列信息,方便拆分混合结果;

l   特色生信分析进行准确   reads mapping,区分同源区段间的 PSV&HSV

l     平均测序深度>100×,一般为 1000×左右或以上;

l   Q30>90%

l   检出率 95%以上;


样本要求

l   DNA 浓度>100ngul,总量>1μg

l   OD260/280   1.8-2.0

l   样本无明显降解

 

多倍体扩增子测序SNP 分型结题报告

p   实验报告

p   生信分析说明

p   基因型

p   HWE检测

p   Reads Mapping结果

p   测序深度统计

p   SNP位点测序成功率统计

p   聚类散点图

 

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