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Hi-MethylSeq目标区域甲基化测序服务

甲基化的重要性

表观遗传学(epigenetics)是目前分子生物学研究的热点之一,DNA甲基化是表观遗传学的重要内容。DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生,起着至关重要的作用。甲基化研究成为表观遗传学的热点,相应的技术也是层出不穷,根据实验目的的不同,这些技术大体能够分成两类:全基因组甲基化检测技术以及特异性位点甲基化检测技术。

上海翼和生物目标区段甲基化测序

        对于完成一定前期研究工作的情况下,选定目的候选基因,目标区域的甲基化水平研究则更有针对性和大样本可行性。上海翼和生物通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用PCR扩增目的片段,并结合二代测序平台(Ion Proton/illumina Miseq等主流测序平台)并对PCR产物进行测序,从而推出了目标区域甲基化测序服务Hi-MethylSeq,在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。

技术路线:

1.亚硫酸氢盐(bisulfite)处理

 

2.目标区域甲基化位点捕获测序

 

 

 

服务流程

 

 

 

翼和特色

内容

目标区域甲基化测序

自主知识产权超高重PCR为基础,目标甲基化区段特异性捕获,更具针对性,经济型

基于二代测序,可以获得目标区域内所有C的甲基化数据

~500X的测序深度,精确计算每个位点C的甲基化程度

通量高,可同时对成百上千个区域进行甲基化程度分析

适用于大样本多区域的DNA甲基化水平检测

Q3080%

检出率90%以上,90%以上测序片段测序深度>10X

服务优势

1.基于二代测序,可以获得目标区域内所有C的甲基化数据。
2.~500
×的测序深度,精确计算每个位点C的甲基化程度。
3.
通量高,可同时对成百上千个区域进行甲基化程度分析。
4.
适用于大样本多区域的DNA甲基化水平检测。

 

样本要求

DNA浓度>50ng/ul,总量>1ug,满足70个目的片段测序

OD260/2801.8-2.0

样本无明显降解

 

案例示范

1. 本研究关注儿童注意缺陷多动障碍(ADHD)的甲基化机制。 研究者选取脑组织临近样本--唾液DNA为研究样本。全基因组甲基化芯片确认VIPR2 ADHD差异候选基因。目的候选基因区域甲基化水平测序验证了包括VIPR2在内的43个位点, 提示唾液DNA可能被用作精神疾病研究的脑组织替代材料

文献来源:Wilmot, B, et al. (2015) Methylomic analysis of salivary DNA in childhood ADHD identifies altered DNA methylation in VIPR2. The Journal of Child Psychology and Psychiatry. Doi: 10.1111/jcpp.12457

 

2. 研究者采用候选基因区域甲基化水平测序探究了三个人半乳糖凝集素 编码基因的甲基化水平在先兆子痫中的作用。结果发现,这些基因内的多个关键差异甲基化CpG位点与 疾病发生相关。结合其它研究,研究者指出,这些差异甲基化CpG位点可能影响滋养细胞的半乳糖凝集素 基因簇表达。

文献来源: Than NG, et al. (2014) Evolutionary origins of the placental expression of chromosome 19 cluster galectins and their complex dysregulation in preeclampsia. Placenta 35 (11):855-865.