微卫星(STR/SSR)分型服务
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微卫星(STR/SSR)分型服务

STR介绍

STR(短串联重复序列),又称为微卫星标记或SSR。一般有2-6bp的核心序列串联重复而成,构成了STR基因座的遗传多态性。

STR/SSR具有分布广泛均匀、多态性丰富、遵循孟德尔共显性遗传、信息量大、检测简便等优点,STR/SSR分型高效快捷,结果准确,是非常重要的遗传标记,在遗传制图、连锁性分析、亲子鉴定、疾病基因定位和物种多态性研究等领域有着广泛的应用。

上海翼和生物微卫星分型服务:

根据具体实验规模,提供两种检测平台,分别为:适合中低通量检测的多重荧光PCR STR/SSR分型服务和适合高通量的基于二代测序的Hi-STR分型服务。

多重荧光PCR的微卫星(STR/SSR)分型服务

上海翼和生物采用通用荧光引物方案,多重PCR扩增STR/SSR位点,利用ABI遗传分析仪对荧光标记DNA片段进行检测,利用分子量内标进行DNA片段长度计算,使得微卫星分型变得高效,快捷,结果更加精确可靠。

技术路线:

 

 

翼和特色

 

翼和特色

内容

多重荧光 STR分型

十余年STR分型经验,日产5000STR分型数据

可进行多位点多重反应,经济,高效

实验灵活,检出率高,实验周期短

分型过程加入荧光标记分子量内标,分型结果准确

严格实验流程质控以及10%重复对照设置,保证实验结果重复性

检出率>95%

准确率>98%

 

 

服务流程

A.微卫星(STR/SSR)分型引物筛选

   1)客户提供样本以及位点信息;

   2)翼和设计相关位点的扩增引物,并合成;

   3)预实验抽样小试,摸索并优化反应条件(包括退火温度,镁离子浓度等);

   4)3730 XL测序仪电泳

   5)Genemapper分析,数据导出;

B.大规模分型实验

   1)大规模样本位点扩增;

   2)3730 XL测序仪电泳;

   3)Genemapper分析,数据导出;

   4)交付实验报告,包括实验材料,方法,引物序列等;

Hi-STR分型服务

Hi-STR结合多重PCR技术和高通量测序技术,对需要检测的位点设计特异性引物,在单管内进行多重PCR扩增,不同的样本以不同的Barcode引物区分。混合样本后,在Ion Proton/illumina 主流测序平台上,对扩增子进行高通量测序。测序结果使用生物信息学方法,实现对STR位点的检测,与传统的凝胶电泳或毛细管电泳相比,可以直接根据序列,准确判断STR位点的重复次数。Hi-STR适用于核心重复区域3bp及以上的微卫星位点,配合各类高通量测序仪,使得STR分型具有更准确、更灵敏的特点,二代高通量测序,可将上千样本和STR位点混合检测,使检测更加高效经济。

 

技术路线:

 

翼和特色

翼和特色

内容

HI-STR分型

翼和自主知识产权超高重PCR捕获技术,技术先进,结果可靠

通量高,STR位点30-500个之间,数百数千样本推荐使用

均一性高,95%扩增子测序深度在平均测序深度0.2X以上

低样本浓度,DNA浓度>40ng/ul

检出率>95%

准确率>98%,可与荧光引物PCR分型方法相验证

 

 

本方法适用于动物植物及人类的遗传图谱绘制、QTL定位、生物多样性、动植物SSR位点检测、群体遗传结构等诸多领域。