PCR-LDR试剂盒定制
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STR/SSR 基因分型服务

STR短串联重复序列),又称为微卫星标记或 SSR。一般有 2-6bp 的核心序列串联重复而成,构成了 STR 基因座的遗传多态性。STR/SSR 具有分布广泛均匀、多态性丰富、遵循孟德尔共显性遗传、信息量大、检测简便等优点,STR/SSR分型高效快捷,结果准确,是非常重要的遗传标记,在遗传制图、连锁性分析、亲子鉴定、疾病基因定位和物种多态性研究等领域有着广泛的应用

技术原理

上海翼和生物可对有参考基因组序列的物种进行已知 STR/SSR 位点的分型检测。本公司根据已知 STR/SSR 位点及其侧翼序列设计荧光修饰的 PCR 引物, 并利用本公司特有的多重 PCR 引物分析系统进行分析,设计多重荧光 PCR 扩增方案。方案确定之后,在 个孔中一次性扩增出所有位点的目标片段,并在ABI3730XL 测序仪上进行毛细管电泳,根据电泳峰图读取样本的 STR/SSR 基因分型。

 

多重荧光 PCR 引物扩增原理

技术路线

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翼和特色

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样本要求

Ø  10 个位点以内,要求 DNA 样本浓度>20ng/ul 以上,体积>15ul

Ø  OD260/2801.8-2.0

Ø  每增加 10 个位点,DNA 体积增加 5ul

数据分析内容

Ø  STR/SSR 分型结果

Ø  多重 PCR 琼脂糖凝胶电泳结果

Ø  高级分析:遗传多样性分析、群体结构分析

项目流程

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应用方向

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常见问题:

1.是否提供跑板服务?

答:翼和提供跑板服务,对方提供荧光引物扩增产物即可

2.客户要做样本遗传多态性分析,是选择 SNP 好,还是 STR 好?

答:STR 拥有庞大等位基因数,而 SNP 只有两个等位基因,位点的遗传多态性STR 更加丰富。STR 的信息量比 SNP 信息量大,在进行种间样本来源判断是,较少的 STR 位点即可完成 DNA 指纹图谱的构建一般所需 SNP 的位点数是 STR3-4)。但是 SNP 的二等位性可估计任何人群中其等位基因频率,且 SNP 分布最广泛, 可以建立高密度的遗传图谱。SNP 相对于 STR 扩增更有效,利于遗传分析。SNP 可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平,它们本身可能就是疾病遗传机制的候选改变位点 。

从整体研究现状来说,目前 SNP 作为分子位标的地位越来越高,尤其在人的研究中,目前 STR 在农口的研究仍具有一定需求。

案例示范:

1.中国棉花 SSR 标记遗传多样性分析

本研究以中国 3 大棉区 8 个棉花主产省份 32 份棉花主栽品种进行遗传多样性分析。作者选择在染色体上分布均匀,且多态性高,稳定性好的 36SSR 位点作为分析。36 个位点在 32 份棉花材料中扩增出 142 种多态性,每个 SSR 位点有2-11 种不等基因型。因此最少采用 5SSR 进行基因分型,即可将 32 个棉花品种完全区分。

采用多 SSR 位点组合适用于构建中国棉花主栽品种 DNA 指纹图谱,品种间的亲缘关系和地理来源有一定的相关性。

文献来源:匡猛, 杨伟华, 许红霞,等. 中国棉花主栽品种 DNA 指纹图谱构建及SSR 标记遗传多样性分析[J]. 中国农业科学, 2011, 44(1):20-27.


2.中国西南地区甘薯主要育种亲本的遗传 多样性及群体结构分析

为了探究中国西南地区主要甘薯育种亲本材料的遗传多态性和群体结构,为甘薯亲本材料的保存和利用、甘薯分子标记辅助选择提供参考依据,本研究选择61SSR 分子标记,13 个农艺性状和 6 个品质性状,对 82 份中国西南地区主要甘薯育种亲本材料进行遗传多态性分析。

61SSR 位点在 82 份材料中,每个位点有 1-17 种不等基因型。亲本材料基因组水平的遗传多样性较为丰富,但是品质性状和农艺性状分辨率较小,因此结合分子标记,能够进行深入的遗传多样性和群体结构分析。

文献来源:罗凯, 卢会翔, 吴正丹,等. 中国西南地区甘薯主要育种亲本的遗传多样性及群体结构分析[J]. 中国农业科学, 2016, 49(3):593-608.


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