人全外显子测序服务
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人全外显子测序服务

全外显子测序简介

在人类基因中大约有180,000外显子,占人类基因组的12%,约30MB。人类基因组的蛋白编码区大约包含85%的致病突变。外显子组测序主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区及UTR区域内的结构变异。利用外显子组富集技术和二代测序技术,可以高效快速的获得待测样品基因组所有已知基因的外显子及其邻近区域的序列及变异,结合大量的公共数据库提供的外显子数据,有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。

 

应用领域

人全外显子测序适用于很多的遗传研究领域,例如疾病基因组研究、肿瘤基因组研究、临床分子诊断研究、群体研究等,尤其适合孟德尔遗传疾病/复杂疾病致病基因的确定、肿瘤基因组体细胞突变研究等。

 

全外显子测序项目流程

捕获流程

翼和特色

高性价比:与全基因组相比,人全外显子组测序有效降低费用及周期,更加经济高效 。

高针对性:直接对蛋白编码序列进行测序,找出影响蛋白结构的变异,是基因功能最直接的体现。

高精确度:测序覆盖深度深,数据准确性高且高效,可发现常见变异、低频变异及罕见变异。

严格数据质控保证数据分析可靠性

10Gb/每个样本 

 

 

数据分析

分析内容

基本分析

l  原始数据整理,数据质控

l  参考基因组比对,统计测序深度及覆盖度

l  突变(SNP/InDe/CNVl)检测,注释及统计

单基因疾病分析

l  基于变异有害性的筛选

突变位点筛选

突变位点有害性分类

结构变异CNV有害性分析

l  基因功能及表型分析

候选基因功能富集分析

候选基因通路富集分析

候选基因相关性分析

复杂疾病分析

l  基于变异有害性的筛选

突变位点筛选

突变位点有害性分类

结构变异CNV有害性分析

l  基因功能及表型分析

     候选基因功能富集分析

      候选基因通路富集分析

      候选基因相关性分析

肿瘤分析

l  体细胞SNV/INDEL的鉴别与注释

配对样本聚类分析

CDS区非同义突变分析

l  体细胞SV的鉴别与注释

l  体细胞CNV的鉴别与注释

l  易感基因筛查

l  NMF 突变特征和突变频谱分析

l  高频突变基因统计及通路富集分析

l  已知驱动基因筛选

l  MRT 高频突变基因相关性分析

l  OncodriveCLUST 驱动基因预测

l  高频 CNV 分析

l  融合基因检测

l  肿瘤纯度/倍性分析

l  异质性/克隆结构分析 

 

样品要求

l  样品类型:全血、新鲜组织或DNA样品。

l  样品的量:细胞样品请提供至少1×10^7个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,DNA样品请提供5 μg以上的DNA

l  样品质量:OD 260/280值应在1.82.0 之间无明显降解与蛋白/RNA污染,浓度 ≥ 50 ng/μl.

l  样品保存:保存在H20TE (pH 8.0)中。

l  全血样本:1ml, EDTA抗凝,冰袋运输。

l  样品运输:冰袋运输,且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。

案例分析

A homozygous mutation of GNRHR in a familial case diagnosed with polycystic ovary syndrome

20175月发表于european journal of endocrinologyIF=3.9)。通过对同一家族中三个患有PCOS的姐妹进行全外显子测序,结果发现GNRHR基因的第一个外显子中发现一个错义突变rs104893836,导致p.Gln106Arg氨基酸替换。随后通过sanger测序验证,发现患病三姐妹均是纯和突变,而其父母为杂合突变。

图一 患者家系图及患病姐妹位点测序图