拷贝数变异(CNV)检测服务
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拷贝数变异(CNV)检测服务

CNV简介

拷贝数变异(Copy number variation, CNV)是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的缺失和重复。CNV 是基因组结构变异(Structuralvariation, SV) 的重要组成部分。CNV位点的突变率远高于SNP(Single nucleotide polymorphism), 是人类疾病的重要致病因素之一。

CNV是许多疾病(如癌症、遗传性疾病、心血管疾病)的一种重要分子机制。作为疾病的一项生物标志,染色体水平的缺失、扩增等变化已成为许多疾病研究的热点。目前,CNV检测方法主要包括:比较基因杂交(array-CGH)、荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)、多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-depengent probe amplification, MLPA)、竞争性PCRcompetitive polymerase chain reaction,competitive PCR)和二代测序技术等。

 

基于多重竞争性PCRCNV检测

上海翼和生物利用竞争性PCR进行基因拷贝数检测。选择一些拷贝数稳定的基因作为内参(常规基因,不会出现拷贝数变异的区段),通过竞争性PCR比较对照样本和检测样本待测区段的拷贝数差异。针对同一个基因设计引物,在引物上进行一定修饰,使检测样本引物和对照样本引物只有有限碱基的长度差异,在能够区分样本的基础上,减少不同样本间扩增效率的差异。通过两轮PCR,利用竞争性PCR特性结合毛细管电泳分辨率,完成多重CNV检测的目的。

检测原理

图一 CNV检测示意图

CNV检测优势

1.灵活,高效:直接利用多重PCR检测, 引物设计灵活,针对不同基因检测(一次性可以检测至少20个基因)。

2.简便:相比其他检测方法,利用多重竞争性PCR法,实验操作流程更加简单。

3.经济:多重检测的特性以及检测仪器的广泛性,多重竞争性PCRCNV检测更加经济高效。

4.准确:利用毛细管电泳,根据峰高或者峰面积量化产物,结果判读更精确,可有效分辨低至15%的拷贝数差异。

5.首创:主知识产权多重竞争性PCR MCF-PCR)技术,国内唯一技术。

CNV检测质控流程

 

 

 

 

多重竞争性PCR文献参考

1. Wang M, Tong L, Wang S, et al. A multiplex sensitive quantification of microRNAs based on competitive PCR[J]. Biotechnology & Bioprocess Engineering, 2017, 22(1):95-99.

2. Li J, Lin L H, Wang J, et al. Quantitative analysis of multiple genes' expressions based on a novel competitive RT-PCR assay.Anal Bioanal Chem 405,1353-60(2013)

3.Tang Q, Song C, Zhang S, et al. Gene expression profile of IGF1 and MSTN mRNA and their correlation with carcass traits in different breeds of geese at 70 d of age.[J]. British Poultry Science, 2014, 55(1):76-80.